A Associação de Estudantes da Faculdade de Farmácia da Universidade do Porto foi fundada a 23 de fevereiro de 1929 com o objetivo de unir os estudantes de Farmácia, dando voz ativa às suas reivindicações, e de acompanhar o percurso académico com a preocupação de complementar a formação adquirida. Registada em Cartório Notarial em 1987, a AEFFUP teve, ao longo da sua História, momentos marcantes como o período em que o governo ditatorial de Salazar proibia a formação de Associações de Estudantes. A AEFFUP nunca deixou de existir nessa altura e várias atividades dos estudantes da Academia do Porto foram realizadas através desta Associação, pois a sua existência datava de um período anterior àquela legislação.
A AEFFUP também regista no seu historial o facto de ser membro fundador da APEF (Associação Portuguesa de Estudantes de Farmácia), a adesão à IPSF (Federação Internacional de Estudantes de Farmácia) e a participação na EPSA (Associação Europeia de Estudantes de Farmácia).
Contando atualmente com cerca de 1200 associados, a AEFFUP é uma instituição reconhecida tanto no meio estudantil como no setor da Farmácia em Portugal. Nos dias de hoje, a AEFFUP fundamenta a sua existência no acompanhamento dos estudantes e na defesa dos seus interesses, numa atitude ativa no complemento da formação e no seguimento das matérias que envolvem direta ou indiretamente a área estudantil. Acreditamos que o nosso propósito se identifica com o do ensino, que é lançar as bases de uma formação intelectual e humana, que despertem a curiosidade de saber sempre mais.